Отделение детской травматологии организовано 1988 году. Основным Направлением деятельности является разработка методов диагностики и лечения травм и последствий переломов у детей. Основателем и долгие годы бессменным руководителем отделения являлся профессор Р.Р. Ходжаев. Под его руководством были разработаны современные, малотравматичные методы лечения переломов, которые с успехом применяются в детском травматологии. Тематики исследований были посвящены преимущественно переломам и посттравматическим деформациям локтевого сустава у детей. В отделении был разработан ряд аппаратов внешней фиксации и устройств для остеосинтеза переломов длинных костей у детей, различные шины для консервативного лечения травм, оригинальные методики лечения посттравматических деформаций костей. На основе данных разработок были подготовлены и защищены десятки диссертаций.
В 2012 году на базе отделения детской травматологии были выделены группы по изучению деформаций грудной клетки у детей и дегенеративных заболеваний у взрослых. Перед отделением были поставлены такие задачи, как разработка методик диагностики и лечения всех видов деформаций грудной клетки. На сегодняшний день в отделении пролечено более 500 пациентов с воронкообразной и килевидной деформациями грудной клетки. Разработаны методики и устройства для оперативного лечения данных деформаций. Кроме того, в отделении с успехом применяются новые технологии в сфере вертебрологии, в частности транспедикулярные системы фиксации.
За эти годы в клинике защищены 18 кандидатских и 6 докторских диссертаций. За последние 25 лет опубликованы 213 статей, более 500 тезисов, 63 методические рекомендации, получены 46 патентов.