Самое молодое отделение института создано в 2005 г. Специализация отделения - лечение малоинвазивными (артроскопическими) методами больных с травмами и заболеваниями опорно-двигательного аппарата. Руководит отделением доктор медицинских наук М.Э. Ирисметов.
В отделении применяются артроскопические инструменты фирмы «Карл- Шторц». Артроскопический метод лечения применяется при повреждениях менисков, крестообразных и боковых связок, при болезни Кенига, удалении хондромных тел, лечении артрозов. Сотрудниками отделения разработаны методы диагностики и лечения кист менисков, разгибательной контрактуры коленного сустава, повреждений разгибательного аппарата коленного сустава, а также нестабильности коленного сустава при неправильно сросшихся переломах большеберцовой кости. Разработан метод операции при патологии вращательной манжеты плеча.
Внедрены и широко применяются артроскопические методы аутопластики передней и задней крестообразных связок из полусухожильной и нежной; мышцы. Также разработан метод двухпучковой лавсанопластики при разрывах передней крестообразной связки. Внедрен метод стабилизации надколенника из Сухожилия нежной мышцы при привычном вывихе надколенника. С момента открытия отделения у более 5000 больных применены артроскопические операции. В настоящее время отделение спортивной травмы является лидером по артроскопической диагностики и лечения в нашей Республике. В 2015 году выполнено 1596 операций. Из них 172 операций реконструкции крестообразной связки золенного сустава. Сотрудники отделения прошли стажировку в зарубежных странах, таких как Россия, Австрия, Германия, Южная Корея и другие и активно участвуют в речении травм спортсменов, в частности участников Международных Олимпиад по художественной и спортивной гимнастике, трамплину и велоспорту. Ведутся научные работы по усовершенствованию лечений травм, которые часто встречается у спортсменов. Учеными отделения получены более 20 патентов на изобретения и полезные модели, опубликованы 150 журнальных статей, тезисов и Методических рекомендаций.